Amint a Fálun Gong egyre népszerűbbé vált, az állami elnyomás jelei megjelentek. Röviddel ezután a korábban bestsellernek nevezett Fálun Gong könyvek megjelenését betiltották. Az első fő állami médiától származó Fálun Gongot kritizáló cikk a Guanming Daily napilapban jelent meg június 17.-én amikor Li Úr az Egyesült Államokba ment. 

Az Állambiztonsági Hivatal lefolytatott egy vizsgálatot, hogy a Fálun Gongot „gonosz szektának” kell-e ítélni, de a nyomozás végkövetkeztetése „eddig nem található bizonyíték.”

A Közbiztonsági Minisztérium első számú irodája kiadta az 555. dokumentumot „A Fálun Gong nyomozásáról szóló hírek” címmel, amely azt állította, hogy a Fálun Gong gonosz kultusz. A minisztérium számos vizsgálatot indított, hogy bizonyítékokat találjon ezen állítás alátámasztására. Az eljárások magukban foglalták a lehallgatást, a Fálun Gong gyakorlók megfigyelését, házkutatásokat és személyes tárgyak elkobzását. A rendőrség különféle illegális módszerekkel zaklatta a gyakorlókat, például vízágyúval zavarták meg a közparkok reggeli gyakorló csoportjait, vagy bezárták a különféle gyakorlóhelyeket. Egyes területeken feldúlták a házakat is.

Miután aggódó levelek özöne érkezett, Qiao Shi, aki épp az Országos Népi Kongresszus Állandó Bizottságának elnökeként és a Politikai Iroda tagjaként töltötte be megbízatását, megindította saját vizsgálatát az 555. dokumentum állításai miatt. A kongresszus további magas rangú tagjai vettek részt ebben. Hónapok múlva a vizsgálat arra a következtetésre jutott, hogy „a Fálun Gong előnyök százaival jár a kínai nép és a nemzet számára, viszont egy kicsit sem ártalmas”.

A Kínai Nemzeti Sportbizottság saját vizsgálatot indított a Fálun Gonggal kapcsolatban. A nyomozás vezetője október 20-án elmondta: „Meggyőződésünk, hogy a Fálun Gong gyakorlata és hatása kiváló. A gyakorlat nemcsak az egészség megőrzését vagy javítását segíti elő, hanem hatalmas mértékben hozzájárul a társadalom és az erkölcs stabilitásának növeléséhez is. Ezt hivatalosan meg kell erősíteni.”

A Kínai Állami Sportbizottság által készített tanulmány becslései szerint több mint 70 millió ember gyakorolja a Fálun Gongot Kínában.

A Fálun Gong elleni támadások fokozódnak az állami médiában, még akkor is, ha közben a pozitív riportok is folytatódnak, ezek Kína politikai vezetésének belső megosztottságára utalnak. A Fálun Gong hívei a helyi újságok vagy televíziók meglátogatásával és esetenként petíciók benyújtásával válaszolnak a kritikákra, nagyobb pontosságot kérve a riportoktól. Ilyen eseményekre Pekingben, Tiandzsinban, Kantonban és más nagyobb városokban is sor kerül.

A kínai Nemzeti Sport Bizottság egyik tisztviselője a US News & World Reportnak nyilatkozva úgy vélekedik, hogy akár 100 millióan is lehetnek a gyakorlat követői. A tisztviselő kiemeli azokat a költségeket, amelyeket a gyakorlat segít megtakarítani Kína nemzeti egészségügyi ellátórendszerében, kijelentve, hogy „Zhu Rongji miniszterelnök nagyon örü ennek”.

He Zuoxiu, egy ismert marxista-ateista, egy Tianjin-i főiskolai magazinban becsméreli a Fálun Gongot és általában a csikungot. A Fálun Gong helyi gyakorlói Tianjinban gyülekeznek, és arra kérik a magazint, hogy orvosolja a hírnevüknek okozott károkat.

Bár az összejövetel békés, április 23-án és 24-én rohamrendőröket küldenek, 45 gyakorlót tartóztatnak le, és néhányat megvernek. Amikor a gyakorlók arra kérik a Tianjin-i hatóságokat, hogy engedjék szabadon a letartóztatottakat, azt mondják nekik, hogy a parancsok Pekingből érkeztek; ha petíciót akarnak benyújtani, akkor a fővárosba kell menniük.

Másnap, április 25-én, több mint 10 000 Fálun Gong gyakorló gyűlik össze Pekingből, a közeli Tiandzsinból és a környék más városaiból az Állami Tanács petíciós irodája előtt. Ez az iroda Zhongnanhai, a kommunista párt vezetőségének lakóövezete szomszédságában található. A petíció benyújtói aggodalmuknak adnak hangot az előző nap Tianjinban történt letartóztatások és visszaélések miatt, és kérik a Tianjinban letartóztatottak szabadon bocsátását, a Fálun Gong könyvek közzétételére vonatkozó tilalmak feloldását, és hogy folytathassák gyakorlást kormányzati beavatkozás nélkül.

Az összejövetel valóban figyelemre méltóan békés és rendezett volt, annak ellenére, hogy a párt később azzal vádolta ( later accusations ) a Fálun Gongot, hogy „elfoglalta” Zhongnanhai-t.

Zhu Rongji akkori miniszterelnök irodájában találkozott a Fálun Gong képviselőivel. A nap végére a Tianjinban letartóztatottakat szabadon engedték, és a gyülekezés csendesen szétszóródott.

Néhány órán belül azonban a kommunista párt akkor vezetője, Jiang Zemin ellen véleményét fejezi ki Zhu, a kedélyek lecsillapítását célzó álláspontjával kapcsolatban, és kijelenti, hogy ha nem tudja legyőzni a Fálun Gongot, akkor a párt „nevetségessé” válik.( the Party will become a “laughing stock”.)

Az Associated Press cikke szerint a kínai Fálun Gongnak „több tagja van, mint a Kommunista Pártnak - az Állami Sportigazgatás szerint legalább 70 millióan”. Másnap a New York Times két cikket közöl, melyek a Fálun Gong követőinek számát 70 millióra teszik, ezt az értéket a kínai kormánytól származónak tulajdonították. A cikk kimondja, hogy a csoportnak „a kínai kormány becslése szerint is több tagja van, mint a kommunista pártnak”.

A „6-10-es irodát” Jiang Zemin kínai kommunista párt vezetőjének parancsára hozzák létre. Feladata a Fálun Gong átfogó elnyomásának megtervezése, összehangolása és végrehajtása. Jiang hatalmat ad az irodának a helyi rendőrségek, kormányzatok és bíróságok felett minden szinten.  The 6-10 Office később a Fálun Gong-gyakorlók letartóztatásának, kínzásának és meggyilkolásának elsődleges eszköze lett.

1999. július 20-án Kína kommunista vezetése hivatalosan betiltja a Fálun Gongot.

Az április 25-i gyűléstől július közepéig Kína-szerte arról számolnak be a gyakorlók, hogy civil ruhás rendőrök követik és hallgatják ki őket, mivel a párt összegyűjti a követők listáját, és az utolsó előkészületeket teszi meg az ezt követő betiltásra.

1999. július 20-án a rendőrség Kína szerte letartóztatja azokat a követőket, akiket kulcsszervezőknek tartanak, és feldúlják otthonaikat. 1999. július 22-én média kampány kezdődik. A rádió közvetítései, a televízió képernyője és az újságok hasábjai tele vannak a Fálun Gong elleni támadásokkal. Hangosítással felszerelt teherautók közlekednek a város utcáin és az egyetemi kampuszokon, figyelmeztetve az embereket, hogy a Fálun Gong gyakorlása ma már illegális. A tilalom kikötései között szerepel, hogy a tiltás ellen tiltakozni is tilos. (link to report).

Tömeges letartóztatások következnek, a fosztogatások, az elrablások és a Fálun Gonggal kapcsolatos anyagok elkobzása mellett. Elindul egy összehangolt, Fálun Gong elleni, országos szintű propagandakampány. (anti-Falun Gong propaganda campaign)